മൂസ മണിക്ഫാന്റേയും ഫാത്തിമ മണിക്കയുടേയും മകനായി മിനിക്കോയ് ദ്വീപില് 1938 മാര്ച്ച് 16ന് ജനിച്ചു. ദ്വീപില് വിദ്യാഭ്യാസ സൗകര്യങ്ങള് കുറവായതിനാല് പിതാവ് അലി മണിക്ഫാനെ കേരളത്തിലെ കണ്ണൂരിലേക്ക് ഔപചാരിക വിദ്യഭ്യാസത്തിനായി അയച്ചു. എന്നാല് വ്യവസ്ഥാപിത വിദ്യാഭ്യാസരീതിക്ക് എതിരായിരുന്നതിനാല് അദ്ദേഹം വിദ്യാഭ്യാസം ഉപേക്ഷിക്കുകയും മിനിക്കോയിയിലേക്ക് മടങ്ങുകയും ചെയ്തു. വിദ്യാഭ്യാസം സ്വയം ആര്ജ്ജിക്കേണ്ടതാണെന്നാണ് ആദ്ദേഹത്തിന്റെ കാഴ്ചപ്പാട്.
ഔപചാരിക വിദ്യാഭ്യാസം ലഭിക്കാതെ തന്നെ മാതൃഭാഷയായ ദിവേഹിക്കുപുറമെ ഇംഗ്ലീഷ്, ഹിന്ദി, മലയാളം, അറബിക്, ലാറ്റിന്, ഫ്രഞ്ച്, പേര്ഷ്യന്, സംസ്കൃതം തുടങ്ങി പതിനഞ്ചോളം ഭാഷകളില് അദ്ദേഹം പ്രാവീണ്യം നേടി. തുടര്ന്ന് സമുദ്രജീവിശാസ്ത്രം, ജ്യോതിശാസ്ത്രം, ഭൂമിശാസ്ത്രം, സാമൂഹ്യശാസ്ത്രം, ദ്വീപിന്റെ തനതു സമ്പത്തായ കപ്പല്നിര്മ്മാണം തുടങ്ങിയ വിഷയങ്ങളില് അറിവ് സമ്പാദിക്കുന്നതില് അദ്ദേഹം സമയം വിനിയോഗിച്ചു. 1956-ല് അദ്ധ്യാപകനായും തുടര്ന്ന് ഇന്ത്യ ഗവര്മെന്റിന്റെ ചീഫ് സിവില് ഒഫീഷ്യലിന്റെ ഓഫീസിലും ജോലി ചെയ്തു. എന്നാല് സമുദ്ര ഗവേഷണത്തോടുള്ള താത്പര്യം മൂലം 1960-ല് ഫിഷറീസ് വകുപ്പില് ഗവേഷകനായി ചേര്ന്നു.
അലി മണിക്ഫാന് ഒരു ജീവിക്കുന്ന ഇതിഹാസമായി അദ്ദേഹത്തെ മനസ്സിലാക്കുന്നവര് വിശേഷിപ്പിക്കുന്നു. നമുക്ക് ആശ്രയിക്കാന് നാം തന്നെ ധാരാളം എന്ന സന്ദേശമാണ് അദ്ദേഹം നല്കുന്നത്. ശാസ്ത്രജ്ഞനും ബഹുഭാഷാ പണ്ഡിതനുമെല്ലാമായിരുന്നിട്ടും നാടന് ശൈലിയിലുള്ള ലളിതമായ വേഷ വിധാനവും പരിസ്ഥിതിക്കിണങ്ങിയ ജീവിത ശൈലിയും ഭക്ഷണശീലങ്ങളും ജീവിത കാഴ്ചപ്പാടുകളുമെല്ലാമാണ് അലി മണിക്ഫാനെ വ്യതിരിക്തനാക്കുന്നത്. എല്ലാ കാര്യത്തിലും സ്വന്തമായ കാഴ്ചപ്പാടുകളും നിലപാടുകളുമുള്ള മണിക്ഫാന് തന്റെ ആശയങ്ങളുടെ പ്രായോഗിക രൂപമായി ജിവിക്കുകയും ചെയ്യുന്നു. സ്വന്തം വീട്ടിലെ വൈദ്യൂതോപകരണങ്ങളും വൈദ്യുതോര്ജ്ജം വരെ സ്വന്തമായി വികസിപ്പിച്ചുപയോഗിക്കുന്നു.
അലി മണിക്ഫാന്റെ പേരില് ഒരു മത്സ്യ വര്ഗം അറിയപ്പെടുന്നു. അലിമണിക് ഫാന് കണ്ടെത്തിയ ഈ സ്പീഷ്യസാണ് അബൂഡഫ്ഡഫ് മണിക്ഫാനി. ഡഫ്ഡഫ് മല്സ്യവര്ത്തിലെ അനേകം സ്പീഷ്യസുകളിലൊന്നാണിത്. പ്രശസ്ത മറൈന് ബയോളജിസ്റ്റും സെന്ട്രല് മറൈന് റിസര്ച്ച് ഇന്സ്റ്റിട്ട്യൂട്ടിന്റെ ഡയറക്ടറുമായ ഡോ. എസ്.ജോണ്സ് അപൂര്വ്വയിനത്തില് പെട്ട മത്സ്യങ്ങളെ വര്ഗീകരിച്ചപ്പോള് മണിക്ഫാന്റെ ഈ നേട്ടത്തെ പ്രത്യേകം പരാമര്ശിക്കുന്നു.