മലപ്പുറം ജില്ലയിലെ പടിഞ്ഞാറ്റുമുറിയില്‍ 1905ല്‍ ജനിച്ചു. പിതാവ് വാളക്കുണ്ടില്‍ മൊയ്തീന്‍ മുസ്‌ലിയാര്‍ അറിയപ്പെടുന്ന മതപണ്ഡിതനും ഇരുമ്പുഴി ഖാദിയുമായിരുന്നു; കഠിനാധ്വാനം ചെയ്യുന്ന കര്‍ഷകനും. സ്‌കൂള്‍ വിദ്യാഭ്യാസം നാമമാത്രമായിരുന്നു. പിതാവിന്റെ പാത പിന്തുടര്‍ന്ന് പള്ളിദര്‍സുകളില്‍ പഠിച്ചു. വണ്ടൂര്‍, മലപ്പുറം, പെരിങ്ങത്തൂര്‍, മാഹി, വേങ്ങാട്, കളനാട് എന്നിവിടങ്ങളിലെ പള്ളിദര്‍സുകള്‍ അവയില്‍പ്പെടുന്നു. പറവണ്ണ മുഹ്‌യിദ്ദീന്‍ കുട്ടി മൗലവിയും മൗലവി അബുസ്സ്വബാഹ് അഹ്മദലിയും സഹപാഠികളാണ്. അന്നൊക്കെ മലപ്പുറം മുഹമ്മദ് മുസ്‌ലിയാര്‍ എന്ന പേരിലാണ് അറിയപ്പെട്ടിരുന്നത്.
മലബാര്‍ സമരത്തെത്തുടര്‍ന്ന് നാടുവിടേണ്ടിവന്നു. കാസര്‍കോട്ടെ കളനാട് പഴയകോട്ട പള്ളിദര്‍സില്‍ ചേര്‍ന്ന് പഠനം തുടര്‍ന്നു. അവിടത്തെ അധ്യാപകന്‍ കെ.വി. മുഹമ്മദ് മുസ്‌ലിയാര്‍ അറിയപ്പെടുന്ന പണ്ഡിതനും പരിഷ്‌കര്‍ത്താവുമായിരുന്നു. അദ്ദേഹം ഖബ്‌റിടങ്ങളിലെ അനാചാരങ്ങളെ ശക്തമായി എതിര്‍ത്തു. ഖുത്വ്ബ മാതൃഭാഷയില്‍ പരിഭാഷപ്പെടുത്തി. ഇസ്സുദ്ദീന്‍ മൗലവി സാമൂഹിക പരിഷ്‌കരണത്തിന്റെയും അനാചാരങ്ങള്‍ക്കെതിരായ പോരാട്ടത്തിന്റെയും ആദ്യപാഠങ്ങള്‍ അഭ്യസിച്ചത് അദ്ദേഹത്തില്‍നിന്നാണ്. മൗലവി ചെറുപ്രായത്തില്‍ത്തന്നെ ഖുത്വ്ബ പരിഭാഷയില്‍ പരിശീലനം നേടി.
കാസര്‍കോട് കുനിയ സ്വദേശിയും സുഹൃത്തുമായ അഹ്മദ് മുസ്‌ലിയാരോടൊന്നിച്ച് ഉന്നത വിദ്യാഭ്യാസത്തിന് അനുയോജ്യമായ ഇടം തേടി പലയിടങ്ങളിലും കറങ്ങി. തലശ്ശേരിയിലെയും പരപ്പനങ്ങാടിയിലെയും വാണിയമ്പാടിയിലെയും പള്ളിദര്‍സുകള്‍ പരിശോധനാ വിധേയമാക്കിയെങ്കിലും ഒന്നും തൃപ്തികരമായില്ല.
വിദ്യതേടിയുള്ള യാത്രക്കിടയില്‍ ഇസ്സുദ്ദീന്‍ മൗലവിയും അഹ്മദ് മുസ്‌ലിയാരും ഉമറാബാദിലെ ജാമിഅ ദാറുസ്സലാമിലെത്തി. 1927ലായിരുന്നു അത്. 1924ല്‍ സ്ഥാപിതമായ മദ്‌റസ അക്കൊല്ലമാണ് കോളേജായി ഉയര്‍ത്തപ്പെട്ടത്. ഇസ്സുദ്ദീന്‍ മൗലവി പഠനത്തിലെന്നപോലെ പ്രസംഗത്തിലും ഒന്നാമനായി.
ആറാം ക്ലാസില്‍ പഠിക്കവെ ഏഴാം ക്ലാസ് പരീക്ഷയെഴുതി ഉയര്‍ന്നമാര്‍ക്കോടെ പാസായി. 1930ല്‍ ഫസ്റ്റ് ക്ലാസോടെ ഫൈനല്‍ പരീക്ഷയും വിജയിച്ചു.
തെക്കന്‍ കര്‍ണാടക ജംഇയ്യത്തുല്‍ ഉലമ ഒന്നാം വാര്‍ഷിക സമ്മേളനം അംഗീകരിച്ച ഉന്നത ഇസ്‌ലാമിക വിദ്യാഭ്യാസ സ്ഥാപനമെന്ന പ്രമേയം അനുസരിച്ചാണ് ആലിയ അറബിക് കോളേജ് സ്ഥാപിതമായത്. 1940 നവംബറില്‍ ചെംനാട് പള്ളിയില്‍ ആരംഭിച്ച ദര്‍സ് വളര്‍ന്നു വികസിച്ചാണ് ഇത് രൂപംകൊണ്ടത്. ‘അല്‍ കുല്ലിയ്യതുല്‍ അറബിയ്യ അല്‍മദ്‌റസതുല്‍ ആലിയ’ എന്നായിരുന്നു നേരത്തേ ഉണ്ടായിരുന്ന പേര്. എന്നാലിപ്പോഴത് ‘അല്‍ കുല്ലിയ്യതുല്‍ അറബിയ്യതില്‍ ആലിയ’ എന്ന പേരിലാണറിയപ്പെടുന്നത്.
1948 വരെ ആലിയ എന്നാല്‍ ഇസ്സുദ്ദീന്‍ മൗലവിയായിരുന്നു. അക്കൊല്ലമാണ് അദ്ദേഹം ആ സ്ഥാപനത്തോട് വിടപറഞ്ഞത്. എന്നാല്‍, സ്ഥാപനം കടുത്ത സാമ്പത്തിക പ്രതിസന്ധി അഭിമുഖീകരിച്ചപ്പോള്‍ ഭാരവാഹികള്‍ വീണ്ടും അദ്ദേഹത്തെ അവിടേക്കുതന്നെ കൂട്ടിക്കൊണ്ടുപോയി. 1968 ലോ 1969 ലോ ആയിരുന്നു അത്. അങ്ങനെ 1977ല്‍ അനാരോഗ്യം ബാധിക്കുന്നതുവരെ ആലിയയുടെ മാനേജറായി തുടര്‍ന്നു.
മുള്ള്യാകുര്‍ശിക്ക് ശാന്തപുരം എന്നു നാമകരണം ചെയ്തത് ഇസ്സുദ്ദീന്‍ മൗലവിയുടെ നിര്‍ദേശാനുസരണമാണ്. എ.കെ. അബ്ദുല്‍ഖാദിര്‍ മൗലവിയെ അവിടത്തെ മഹല്ല് പള്ളിയില്‍ ക്ലാസ് നടത്താന്‍ ക്ഷണിച്ചുവരുത്തിയതും ഖാദിയായിരുന്ന ഇസ്സുദ്ദീന്‍ മൗലവി തന്നെ.
പാണ്ഡിത്യഗരിമ, കര്‍മകുശലത, തികഞ്ഞ ആത്മാര്‍ഥത തുടങ്ങിയ ഉത്കൃഷ്ട ഗുണങ്ങളുമായി സമുന്നതസ്ഥാനത്തെത്തിയ ഇസ്സുദ്ദീന്‍ മൗലവിക്ക് രണ്ട് ഭാര്യമാരിലായി പതിമൂന്ന് മക്കളുണ്ട്. എഴുത്തുകാരനും ജമാഅത്തെ ഇസ്‌ലാമി മലപ്പുറം ജില്ലാ വൈസ് പ്രസിഡന്റുമായ വി.കെ. ജലീല്‍ അവരില്‍ പെടുന്നു. ഉമ്മാതക്കുട്ടി, റുഖിയ്യ എന്നിവരാണ് ഭാര്യമാര്‍. ജലീലിനെ കൂടാതെ അബ്ദുസ്സലാം, അബ്ദുല്‍ റശീദ്, മുഹമ്മദലി, അബ്ദുല്‍ഹഖ്, അബ്ദുല്ലത്വീഫ്, അബ്ദുല്‍ ഹലീം, അബ്ദുല്‍ വാഹിദ്, മൊയ്തീന്‍കുട്ടി എന്നിവരാണ് മറ്റ് ആണ്‍മക്കള്‍. പണ്ഡിതനും ജമാഅത്തെ ഇസ്‌ലാമി നേതാവും വണ്ടൂര്‍ വനിതാ കോളേജ് പ്രിന്‍സിപ്പലുമായിരുന്ന പരേതനായ പി.കെ. ഇബ്‌റാഹീം മൗലവി മകളുടെ ഭര്‍ത്താവാണ്.
1979 നവംബര്‍ 5/1399 ദുല്‍ഹജ്ജ് 14ന് തിങ്കളാഴ്ച രാത്രി ആ ത്യാഗിവര്യന്‍ അന്ത്യശ്വാസം വലിച്ചു.
