1965 മേയ് 31 ന് കൊല്ലം ജില്ലയിലെ ഐ.സി.എസ് ജംഗ്ഷനില് ജനിച്ചു. പിതാവ് അബ്ദുസ്സ്വമദ്. മാതാവ് അസ്മാ. പ്രാധമിക വിദ്യാഭ്യാസത്തിനു ശേഷം 1986-87ല് കൊല്ലുര്വിള മഅ്ദനുല് ഉലൂം അറബിക്ക് കോളേജില് നിന്ന് മഅ്ദനി ബിരുദവും 1989ല് പട്ടിക്കാട് ജാമിഅ: നൂരിയ്യയില് നിന്ന് ഫൈസി ബിരുദവും നേടി. വിദ്യാര്ഥിയായിരിക്കേ കെ.എസ്.യു അംഗമായിരുന്നു. പിന്നീട് മുസ്ലീം ലീഗില് പ്രവര്ത്തിച്ചു. 1991 ല് ഇസ്ലാമിക്ക് സേവക് സംഘ് എന്ന സംഘടന രൂപീകരിച്ചു. മുസ്ലിം പ്രതിരോധ ശക്തിയായാണ് അതിനെ വിശേശിപ്പിച്ചിരുന്നത്. മഅ്ദനിയുടെ പ്രഭാഷണങ്ങള് ജനങ്ങളെ വശീകരിക്കുകയും അവയില് ആകൃഷ്ടരായവര് അദ്ദേഹത്തിനു പിന്നില് അണിനിരക്കുകയും ചെയ്തു. കലാപത്തിനു പ്രേരിപ്പിക്കുംവണ്ണം പ്രസംഗിച്ചു എന്ന പേരില് മഅ്ദനിക്കെതിരില് നിരവധി കേസുകളുണ്ടായിരുന്നു.
1992 ആഗസ്ത് 6നു മൈനാഗപ്പളളിയില് വെച്ച് ഒരു ബോംബേറില് മഅ്ദനിയുടെ വലതുകാല് നഷ്ടപ്പെട്ടു. 1992 ഡിസംബറില് ബാബരി മസ്ജിദ് തകര്ക്കപ്പെട്ടതിനെതുടര്ന്ന് മറ്റുചില സഘടനകള്ക്കൊപ്പം ഐ.എസ്.എസും നിരോധിക്കപ്പെട്ടു. നിരോധനത്തോടെ, സംഘടന പിരിച്ചുവിട്ടതായി മഅ്ദനി പ്രഖ്യാപിച്ചു. 1992 ഡിസംബര് സംഭവങ്ങളോടനുബന്ധിച്ച് ,രാജദ്രോഹവും തീവ്രവാദവും പ്രചരിപ്പിച്ചുവെന്ന കുറ്റം ചുമത്തി മഅ്ദനിക്കെതിരെ അറസ്റ്റ്വാറണ്ട് പുറപ്പെടുവിച്ചു. എന്നാല് പോലീസില് പിടിക്കൊടുക്കാതെ കുറച്ചുകാലം ഒളിവില് പോയി പിന്നീട് സ്വയം അറസ്റ്റ് വരിച്ച് ഒന്നരമാസം ജയിലില് കഴിഞ്ഞു. ജയില്മോചിതനായ ശേഷം 1993ല് പിന്നാക്ക ന്യൂനപക്ഷതാല്പര്യങ്ങള് സംരക്ഷിക്കാനെന്ന പേരില് പി.ഡി.പിക്ക് രൂപംന്നല്കി. പി.ഡി.പി.യിലൂടെ രാഷ്ട്രീയ രംഗത്ത് സജീവമായി.
1998 ഫെബ്രുവരി 14ന് നടന്ന കോയമ്പത്തൂര് ബോംബ് സ്ഫോടനത്തില് പങ്കുണ്ടെന്ന് ആരോപിച്ച് അറസ്റ്റ് ചെയ്ത് ഒമ്പത് വര്ഷത്തോളം ജയില്തടവിലായി. എന്നാല് പിന്നീട് തെളിവില്ലാത്തതിന്റെ പേരില് കോടതി അദ്ദേഹത്തെ വെറുതെ വിട്ടു. ജയില് മോചനത്തിനു ശേഷം വീണ്ടും പി.ഡി.പി.യിലൂടെ രാഷ്ട്രീയത്തില് സജീവമായി. പിന്നീട് 2008ലെ ബംഗളുരു സഫോടന പരമ്പരയിലും അഹമദാബാദ് ബോംബ് സ്ഫോടനത്തിലും പങ്കുണ്ടെന്നാരോപിച്ച് കര്ണാടകാ പോലീസ് 2010 ആഗസ്റ്റ് 17ന് കേരളത്തില് നിന്ന് മഅ്ദനിയെ അറസ്റ്റുചെയ്തു തടവിലാക്കി. ആ കേസില് തടിയന്റവിട നസീര് പിടിയിലായതോടെയാണ് കേസില് അബ്ദുന്നാസിര് മഅ്ദനിയെ 31ാം പ്രതിയായി ഉള്പ്പെടുത്തിയത്. ഗൂഢാലോചനയില് പങ്കുചേര്ന്നെന്നും രണ്ട് പ്രതികള്ക്ക് അഭയം നല്കിയെന്നുമായുരുന്നു കുറ്റാരോപണം. എന്നാല് കേസില് പോലീസ് സാക്ഷികളാക്കിയവര് തങ്ങള് സാക്ഷികളാണെന്നകാര്യം പോലും അറിയില്ലെന്ന കാര്യം ‘തെഹല്ക്ക’പിന്നീട് വെളിപ്പെടുത്തി. ആദ്യ ഭാര്യ ഷഫറുന്നീസയില് സമീറ എന്ന മകളുണ്ട്. പീന്നീട് സൂഫിയയെ വിവാഹം കഴിച്ചു. ഇവരില് ഉമര് മുഖ്താര് ,സലാഹുദ്ദീന് അയ്യൂബി എന്നീ രണ്ട് ആണ് മക്കളാണ്.