മലപ്പുറം ജില്ലയിലെ പ്രശസ്ത പണ്ഡിത കുടുംബമായ ഖാസിയാരകം കുടുംബത്തില് ചെറുശ്ശേരി മുഹമ്മദ് മുസ്ലിയാര് പാത്തുമ്മുണ്ണി ദമ്പതികളുടെ ഏക മകനായി 1937ലായിരുന്നു ജനനം. വീടിന് സമീപത്തെ ഖാസിയാരകം പള്ളിയില് നിന്നായിരുന്നു പ്രാഥമിക പഠനം. കൊണ്ടോട്ടി സ്കൂളില് ഭൗതിക വിദ്യാഭ്യാസത്തിന് ശേഷം മഞ്ചേരി, ചാലിയം എന്നീ ദര്സുകളില് മതപഠനം നടത്തി. പിതാവ് ചെറുശ്ശേരി മുഹമ്മദ് മുസ്ലിയാര്, ഓവുങ്ങല് അബ്ദുറഹ്മാന് മുസ്ലിയാര്, ഓടയ്ക്കല് സൈനുദ്ദീന് കുട്ടി മുസ്ലിയാര് എന്നിവരായിരുന്നു പ്രധാന ഗുരുനാഥന്മാര്. പള്ളി ദര്സുകളിലെ പഠനത്തിനു ശേഷം വളരെ ചെറുപ്രായത്തില് തന്നെ മുദരിസായി.
കൊണ്ടോട്ടി ജുമുഅ മസ്ജിദില് 22 വര്ഷത്തോളം മുദരിസായിരുന്നു. ശേഷം 18 വര്ഷത്തോളം ചെമ്മാട് മുദരിസായി. 1994 മുതല് ചെമ്മാട് ദാറുല് ഹുദയിലായിരുന്നു സേവനം. എം.എം ബശീര് മുസ്ലിയാരുടെ നിര്യാണത്തോടെ ദാറുല് ഹുദയുടെ പ്രിന്സിപ്പല് സ്ഥാനത്ത് നിയമിതനായി. ദാറുല് ഹുദാ ഇസ്ലാമിക് യൂനിവേഴിസിറ്റിയായി ഉയര്ന്നപ്പോള് പ്രോ ചാന്സലറായി നിയമിക്കപ്പെട്ടു. ഇന്ത്യയിലെ തന്നെ മികച്ച മതഭൗതിക വിദ്യാഭ്യാസ സ്ഥാപനമായി ദാറുല്ഹുദയെ മാറ്റിയെടുക്കുന്നതില് ചെറുശേരി സൈനുദ്ദീന് മുസ്ലിയാര് വലിയ പങ്ക് വഹിച്ചു.
1980 മുതല് സമസ്ത പണ്ഡിത സഭയില് അംഗമായ അദ്ദേഹം ഫത്വ കമ്മിറ്റി ചെയര്മാന് പദവിയും വഹിച്ചിരുന്നു. ജനറല് സെക്രട്ടറിയായിരുന്ന ഇ.കെ അബൂബക്കര് മുസ്ലിയാരുടെ നിര്യാണത്തെ തുടര്ന്ന് 1996ല് സമസ്തയുടെ നേതൃപദവി ഏറ്റെടുത്തു. ഇസ്ലാമിക കര്മ ശാസ്ത്രത്തില് ആഴത്തില് പഠനം നടത്തിയിട്ടുള്ള ചെറുശേരി സൈനുദ്ദീന് മുസ്ലിയാര്, സമസ്ത കേരള ഇസ്ലാം മത വിദ്യാഭ്യാസ ബോര്ഡ് വൈസ് പ്രസിഡന്റ്, പരീക്ഷാ ബോര്ഡ് വൈസ് ചെയര്മാന്, സുന്നി മഹല്ല് ഫെഡറേഷന് സംസ്ഥാന പ്രസിഡന്റ്, താനൂര് ഇസ്ലാഹുല് ഉലൂം അറബിക് കോളജ് മാനേജര് സ്ഥാനങ്ങള് വഹിച്ചിട്ടുള്ള അദ്ദേഹം നിരവധി മഹല്ലുകളുടെ ഖാസിയുമായിരുന്നു. 2016 ഫെബ്രുവരി 18ന് പുലര്ച്ചെ മരണപ്പെട്ടു.